Von den französischen Revolutionskriegen und den napoleonischen Feldzügen bleibt Irsee nicht verschont. Flüchtlinge ersuchen Unterkunft im Kloster; Durchmärsche, Einquartierungen und Kriegsleistungen lassen ein erschöpftes Land zurück. Das bittere Ende ist die Aufhebung des Klosters im Jahre 1802. Dieses letzte Kapitel in der Geschichte der Benediktinerabtei Irsee bedeutet für den Ort Irsee Abschied von vertraut und lieb gewordenem, von jahrhundertelangem Neben- und Miteinander, Verlust seiner geistigen und geistlichen Mitte. Zum Herrschaftsgebiet des Klosters gehörten damals: Irsee, Romatsried, Eggenthal, Baisweil, Lauchdorf, Ingenried, Schlingen, Ketterschwang, Rieden, Pforzen, Leinau, Mauerstetten mit insgesamt 3221 Einwohnern und einem Viehbestand von 932 Pferden, 3163 Stück Rindvieh, 2199 Kälbern und Schafen.
Die Klosterkirche wird 1804 zur neuen Pfarrkirche für den Ort bestimmt. Für die bisherige Pfarrkirche "St. Stephan" wird ein kompletter Abriss angeordnet, der jedoch nach jahrelangem Ringen zwischen Gemeinde und Staat abgewendet werden konnte. Im Konventgebäude des Klosters wurde 1803 ein Landrichteramt eingerichtet, das jedoch schon ein Jahr später nach Kaufbeuren verlegt wurde. In Irsee verblieb bis 1828 noch das Rentamt, in dem die Bürger ihre Steuern bezahlen mussten. Zuletzt war noch die Pfarrerswohnung in Teilen des Klostergebäudes untergebracht. Als auch der örtliche Seelsorger 1834 in den neu erbauten Pfarrhof umgezogen war, stand das Kloster leer. Während umliegende Nebengebäude – wie etwa die ehemalige Klosterbrauerei, das Haus des Oberamtmannes oder das Gerichtsgebäude – in Privatbesitz übergingen, konnte das Hauptgebäude mangels Nachfrage nicht veräußert werden.
