Die alte Klosterkirche war baufällig geworden. Am Pfingstfest des Jahres 1699 stürzte der mächtige Sattelturm ein und begrub den Chor unter seinen Trümmern. Schon nach wenigen Monaten wurde unter Abt Romanus Köpfle der Grundstein für ein neues Gotteshaus gelegt. Baumeister war Franz Beer aus Vorarlberg. Dem berühmten Barockbaumeister stand der 19-jährige Wessobrunner Stukkateur Joseph Schmutzer ebenbürtig zur Seite. Nach nur drei Jahren Bauzeit war die Klosterkirche fertig, am 13. Oktober 1704 wurde sie geweiht. Hier sei nur eine Besonderheit der Innenausstattung genannt: die Schiffskanzel, die in ihrer Art einzigartig ist und zum Wahrzeichen der Irseer Kirche wurde.